Двенадцать лет назад до начала основных событий, гигантский девятихвостый демон-лис атаковал Коноху — деревню Наруто. Ради спасения деревни, четвёртый хокагэ — глава деревни — запечатал дух этого лиса внутри ребёнка, своего сына, по имени Наруто. Хокагэ умер, став героем своей деревни, желая, чтобы люди считали героем и Наруто, который отныне сдерживал мощь Девятихвостого. Но, к сожалению, для большинства Наруто — девятихвостый лис, поэтому они ненавидят его. Их дети не знают его секрет, но тоже ненавидят, как и их родители.

Главная мечта основного персонажа — Наруто — стать самым лучшим ниндзя в своём селении, то есть Хокагэ. На пути к этой мечте стоит множество преград: окружающие, которые не признают Наруто и презирают его, а также скептически настроенные одноклассники, учителя, считающие его самым худшим учеником из возможных. Со временем к этому списку добавляются и враги, настроенные весьма решительно. Но Наруто не сдаётся и своими поступками переубеждает всех, в том числе и зрителей.

Сериал начинается с того, что Наруто заканчивает обучение в «Академии Ниндзя» и, успешно пройдя все экзамены, начинает выполнять различные миссии в команде с двумя сверстниками и одним учителем (сэнсэем), постепенно совершенствуясь. Через полгода приходит время очередного экзамена, но его закончить благополучно не удаётся из-за внезапного нападения на их родную деревню. Атаку удаётся отбить, но селение теряет старосту (Кагэ), а Наруто — одного из друзей, который решил перейти на другую сторону. Почти все последующие действия главных героев продиктованы желанием вернуть ушедшего, но пока что им это не удалось.